目前我國小水電占全國水電裝機和年發電量的30%左右，已建成的小水電站約45000座，巨大的數字引發了人們對小水電利益的各種猜想。小水電與生態環境、小水電背后利益之爭以及審批監管等問題，也一直是人們關注和爭論的熱點。
據了解，一座2000千瓦規格的小水電站至少也要上百萬的投資，需要大約10年左右收回成本，目前許多地區的小水電都處在虧損狀態。在水電開發利用的大省，小水電在提供農村可用能源、防洪灌溉、就業等方面都有積極作用，甚至已經發展成為當地支柱性產業，但"炒電"熱潮過后，小水電企業普遍虧損運營。
業內人士多認為小水電企業之所以深陷虧損泥淖緣于上網電價太低、環評要求嚴格、移民建庫成本上漲等多重因素的作用。
造成小水電虧損的原因有很多，其中外部因素包括上網電價遲遲未調、主管部門不明確導致的多頭管理等，此外，小水電自身也存在一些不完善的地方，如經營管理能力不強、技術設備老化而導致發電效率較低等。
其中，監管是我國小水電行業存在的最主要的問題。存在"誰都能管，但誰都可以不管"的監管現象。在小水電的監管上涉及多個部門，存在不明確、不協調和交叉重疊管理的問題。比如水利部與環保部，在環境問題上，水利部門認為環保部門沒有監管好河流污染問題，環保則指責水利只顧修站發電不顧生態。
作為一種重要的發電方式，小水電對滿足電網公司暫時照顧不到的偏遠山區、農村的供電意義重大，需要社會給予關注，但也要防止扶持政策刺激過度，導致小水電的無序發展，特別是在環境保護上也應當對小水電進行約束。
行業專家認為，只有從內部和外部都對小水電產業施加力量，才能將小水電企業們從發展的困局中拉出來。就目前而言，制約小水電企業生存發展的根本性原因在于監管缺位，多頭管理，政出多門，繼而出現該管的不管，不該管的越位代管現象。正是管理體制不順而衍生出優惠扶持政策不落實、項目驗收標準規范不統一而造成水電站手續不全等諸多問題，將小水電拖入了生存艱難的困局中。
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